FastQC 설치 (맥OS Big Sur)

 

FastQC url : www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

Babraham Bioinformatics - FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data

 

fastq 파일을 QC 해주는 강력한 툴인 FastQC를 설치해보자.

 

설치 가능한 운영체제는 윈도우, 리눅스, 맥OS 모두 가능하다. 필자의 컴퓨터는 현재 M1 맥북 에어이다.

 

맥북 터미널 환경에서 homebrew를 통해 다음과 같은 명령어로 손 쉽게 FastQC를 설치가 가능하다.

brew search fastqc

하지만 homebrew를 통해 설치하면 FastQC를 GUI환경에서 실행이 된다.

GUI 환경으로 실행하는 것도 좋지만, command line이 익숙한 우리를 위해 리눅스와 같이 설치해주자.

 

FastQC 홈페이지에서 위와 같이 맥OS용 DMG파일대신 리눅스용 압축 파일의 링크 주소를 복사해서 원하는 디렉토리에 다운로드 받아준다.

wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip

unzip fastqc_v0.11.9.zip

압축을 풀고 FastQC 디렉토리에 들어가보면 fastq가 있다. perl로 실행시켜 주면 되긴 하는데 귀찮으니 실행권한을 줘서 실행하자.

homebrew로 설치했던 FastQC는 삭제해주고 command line 전용으로 설치한 FastQC를 /usr/local/bin에 링크를 생성해주면 끝.

 

chmod 777 fastqc

brew uninstall fastqc

sudo ln -s FastQC/fastqc /usr/local/bin

 

 

 

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