조바 조바

RNA-seq 분석을 시작하기에 앞서 fastqc를 이용하여 fastq 파일의 quality를 어느 정도 점검을 한 후, 첫 단계로 fastq 파일에서 낮은 품질의 서열 혹은 어댑터 서열들을 제거해주어야 한다. Trimming 작업을 할 때 사용할 수 있는 프로그램이 여러가지가 있는데 보편적으로 쓰는것은 Trimmomatic 이라는 프로그램이다. 이번 포스트에서는 Trimmomatic에 대해 살펴보자. RNA를 단편화 시켜 만든 RNA fragments를 cDNA로 만든 다음 양쪽에 어댑터를 붙여준다. 101PE로 시퀀싱 한다고 가정했을 때 insert의 길이가 101bp를 넘는다고 하면 adapter 서열이 시퀀싱 되지는 않는데. 하지만 아래 그림과 같이 insert의 길이가 read 길이보다 짧을 경..